公司所得税
1997年菲律宾通过税改法案，对国内收入法典进行了重大修正，该法案已于1998年1月1日生效执行。该法案包括征收附加福利税、最低公司所得税，以及对外币储蓄取得的所得征税。2004-2005年度，菲律宾政府为增加财政收入，通过了三个重要的税收法案。其中第9337号共和国法案关于公司所得税的主要修订如下：自2005年11月1日起，公司所得税税率从32%提高到35%，但是自2009年1月1日，公司所得税税率降低到30%。
国内公司以菲律宾国内外所有净收入为基础纳税;常驻外国公司(180天以上)就菲律宾境内取得的净收入纳税;非常驻外国公司则就菲律宾境内的总收入纳税。
现行的公司所得税税率为应纳税金额的30%。
如果公司应纳税收入为零或负数，或最低公司所得税超过其普通公司应纳所得税，则自该公司第4个年度起可按2%的最低公司所得税征收。专营教育机构和非盈利性医院按应纳税收入净额的10%征收。
个人所得税
菲律宾对其居民公民的境内外所得征税。对于非居民公民，以及无论是否是菲律宾居民的外国人，只就其在菲律宾境内来源的所得征税。非居民外国个人来到菲律宾，在一个日历年度内停留超过183天，将被视为在菲律宾从事贸易和经营的非居民外国人。如果其在一个日历年度内在菲律宾停留累计不超过183天，该个人不被视为在菲律宾从事贸易和经营的非居民外国人。派到菲律宾从事一定期限工作的外国人，通常被视为在菲律宾从事贸易和经营的非居民。
一个外国人，无论其是否是菲律宾居民，对于其在菲律宾提供服务取得的报酬，应在菲律宾缴税，无论这笔款项是在哪里支付，也无论其是否汇入菲律宾。在菲律宾境外提供服务的非居民公民，其取得的报酬不在菲律宾纳税。由雇员支付的社会保障缴款和工会会费，不包括在总所得中，这些款项免予征税。
居民、非常驻居民、常驻外国人、非常驻外国人在菲律宾从事商业和贸易按5%到32%的超额累进税率征收个人所得税。在菲律宾不从事商业和贸易的外国人，一律按25%的税率对其收益进行征收(如利息、投资收益)。
增值税
根据9337号修正案规定，增值税率从2006年2月1日起提高到12%。部分交易免征增值税。免征增值税的交易主要包括：农产品、水产品、种子、种苗、鱼苗、饲料、认证的私人教育机构提供的教育服务、由个人提供的服务、在合作发展署登记的农业合作社对其会员的销售、直接用于农业投入的进口机械和设备包括零部件等、销售、进口或出租船舱、货舱和飞机，包括发动机、设备和零部件等。
消费税
消费税主要征收对象为在菲生产、制造的用于国内销售或消费以及其他目的的特定商品(如烟、酒、机动车等)。消费税也适用于部分应缴纳增值税和关税的进口商品。2013年1月1日起菲律宾政府开始加征烟草“罪恶税”，这是菲律宾15年来首次对烟草消费税进行调整，菲烟草价格接近翻倍。
印花税
印花税征税范围包括文件、契约、证券、贷款协议，还有接收、签署、销售转移责任、权力或资产等的证明。征收对象为制作者、签字人、接收者或转移者。
关税
进口到菲律宾的商品一般都要缴纳关税。根据关税和海关代码中商品的分类确定申请的税率。特殊商品进口可以免税，如进入海关免税仓库的商品。进口商及其代理应从商品进口之日起，保留进口商品记录3年。这期间海关署有权对进口商/代理商的记录进行事后审核，以确认是否符合海关条例及评估是否少付关税。估是否少付关
地方税
地方政府法规定，地方政府有权在其管辖范围内对某些特殊行为或商业行为征税，法律规定免税的除外。地方政府也有权每年对不动产征税，如土地、建筑物、机械和其它改造，还有对不动产的销售、捐赠、易货、或其它任何形式的转移进行征税。然而，地方政府无权征收所得税、关税、印花税、财产税、礼品税。