在玛丽娅·特蕾西亚和约瑟夫二世执政时期，实施开明专制制度，努力将教育国有化且将教育服从朝廷的利益。1777年，玛丽娅·特蕾西亚进行了教育改革，实行从小学至大学统一的教育体制，制度包括学习、纪律章程以及体育、智力和道德教育的标准，学校分为民间和拉丁语学校两种。教育改革涉及到各级学校，特尔纳瓦大学也迁移出斯洛伐克，在布拉迪斯拉发和科希策留下两所学院，它们类似中学，只提供哲学、法学和神学基础教育。在19世纪下半期，又进行了其他教育改革，出现了7年制的古典中学和理科中学。1868年通过的6年制义务教育法律使民间学校得到发展，市民学校也作为较高级别的学校出现。19世纪末20世纪初不断升级的“匈牙利化”政策阻碍了斯洛伐克广大民众的教育。1907年6月2日匈牙利政府通过教育法，“匈牙利化”渗透到斯民办学校最低年级的教育。1912年在布拉迪斯拉发建立的阿尔日贝庭大学只教授匈牙利语。从1874年匈牙利政府下令关闭斯洛伐克中学后直至1918年捷克斯洛伐克共和国成立，斯洛伐克没有自己民族的中学教育。
1918年以后，斯教育取得很大发展。不仅实行了8年制义务教育，还兴办了各种类型和级别的学校。1919年6月27日，在布拉迪斯拉发创办了考门斯基大学，设有医学院、法学院和哲学院。至20世纪30年代，在斯洛伐克已有56所用斯语授课的中学，学生人数明显增加。1937年6月25日，斯洛伐克高等技术学校创建。1918~1939年间斯教育的发展依然满足不了民众的需求，在考门斯基大学和中学有许多捷克教育工作者在授课，斯语的教学质量受到一定程度的影响。
在1939~1945年斯洛伐克独立期间，教育继续得到发展。1940年7月斯议会通过关于斯洛伐克大学(即考门斯基大学)的法律，该大学有。天主教神学系、福音派新教神学系、法学系、哲学系、医学系和自然科学系。1940年10月创办了贸易大学。
1945年捷克斯洛伐克国家恢复后，教育逐渐实行国有化。1946年在科希策成立农业和林业工程大学(从1952年起移至尼特拉)。1948年2月共产党全面执掌政权后，实行统一的教育体制，取消了古典中学，学生接受共产主义教育，苏联的教育体制成为样板，俄语是必修课程，其他语言的教授受到限制。这一时期出现了不少新的大学，如造型艺术大学和音乐艺术大学(1949)、兽医大学(1949)、交通和通讯大学(1960)等。在50~80年代，兴建了许多学校教学楼和学生宿舍楼。
1989年剧变后，教学开始实行民主化，教育的重点是教授语言以及知识与真实世界的比照，成立了一些新的大学，如特尔纳瓦大学、马提亚·贝尔大学、康斯坦丁哲学家大学、圣西里尔和美多德大学、特伦钦大学和普雷肖大学。
